Juba ligi viis aastat on Jaani kirikul olnud oma lipp ja selle keskosa ehk Jaani koguduse tänumärk jõudis profiilipildina siia lehele. Nagu õpetaja Jaan Tammsalu juba kommentaaris selgitas, on kotkas evangelist Johannese sümbol. Evangelist Johannese järgi on Jaani kirik oma nime saanud.
Tekst lipu annetamise tunnistuselt:
"Käesoleva dokumendiga teeme kõigile teatavaks, et EELK Tallinna Jaani koguduse liige Urmas Karileet, siirdudes diakonina teenima Käsmu kogudust, annetab tänuks kooskäidud aastate eest Tallinna Jaani kogudusele lipu, mille kirjeldus on järgmine: kuldkollasel lipukangal on Jaani koguduse tänumärk – sinine, valge ornamendiga käpprist, mille keskel on valge, nimbusega kotkas. Lipukanga suurus on 105 x 105 cm; seda ääristavad narmad ja ehisnöörid on kuldkollased. Vardaehiseks on kullatud ladina rist.
Lipp on valmistatud Tallinna Lipuvabrikus heraldik Priit Herodese poolt Tallinna Jaani kogudusele kingitud kavandi järgi. Vardaehise annetasid härrad Meelis ja Madis Pääbo.
Tallinnas
jõulukuu 12. päeval AD 2010"
Suur lipp on kirikus altari kõrval, laualipuna aga kantseleis.
